Estoy trabajando sobre un sistema que tiene servidores en Argentina, Paraguay y Uruguay. Se necesitaba que se repliquen a cierta hora, excluyendo algunos archivos de configuración locales. Para solucionar eso hice un script para crontab:

#/bin/bash
rsync -e ssh -avl --stats --progress --exclude 'carpeta1' --exclude 'carpeta2/config.inc.php' /carpetaOrigen root@servidorExterno:/capetaDestino/

Paramétros:

--stats: Informa acerca del estado de transferencia de archivos.
--progress: Muestra el progreso de la transferencia.
-e ssh: Hace la transferencia a través de SSH. Para utilizar un puerto distinto al 22:  -e 'ssh -p 30000'
-avl:

a: mantiene el permiso de archivo.
v: verbose mode
l: preserva links simbólicos si existieran.

--exclude: Carpeta o archivo a excluir de la transferencia.

(!) Tener en cuenta que para automatizar el proceso de transferencia ya se crearon las llaves SSH, y se copiaron en el servidor destino.